Berdasarkan Statuta Unmul dan Organisasi Tata Kelola, struktur Faperta Unmul dipimpin oleh seorang Dekan dengan dibantu oleh Wakil Dekan Bidang Akademik, Wakil Dekan Bidang SDM, Umum, Keuangan dan BMN, Wakil Dekan bidang Kemahasiswaan dan Alumni, Koordinator Tata Usaha, Sub. Koordinator Akademik, Sub. Koordinator Umum & BMN, Sub. Koordinator SDM & Keuangan, Sub. Koordinator Kemahasiswaan & Alumni. Selanjutnya, terdapat Ketua Jurusan/Program Studi Agroekoteknologi, Agribisnis, Teknologi Hasil Pertanian, Peternakan, Magister (S2) Pertanian Tropika Basah, Doktor Ilmu Pertanian (S3) dan Kepala Laboratorium.
Permendiktisaintek-Nomor-2-Tahun-2025