Berdasarkan Statuta Universitas Mulawarman dan Organisasi Tata Kelola, struktur Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman dipimpin oleh seorang Dekan, yang dibantu oleh :
- Wakil Dekan Bidang Akademik
- Wakil Dekan Bidang Keuangan dan Umum
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni dan Kerja Sama
Struktur ini juga didukung oleh Koordinator Tata Usaha, yang membawahi :
- Subkoordinator Akademik
- Subkoordinator Umum dan Barang Milik Negara (BMN)
- Subkoordinator Sumber Daya Manusia dan Keuangan
- Subkoordinator Kemahasiswaan dan Alumni
Selanjutnya terdapat Ketua Jurusan/Program Studi untuk jenjang sarjana (S1), serta Koordinator Program Studi untuk jenjang pascasarjana (S2 dan S3), yaitu :
- Koordinator Program Studi Magister Pertanian Tropika Basah (S2)
- Koordinator Program Studi Doktor Ilmu Pertanian (S3)
