Struktur organisasi Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman
dirancang untuk mendukung penyelenggaraan tridarma secara efektif, mulai dari tingkat senat dan pimpinan fakultas, unit penunjang, hingga jurusan dan program studi.

Senat dan Pimpinan Fakultas
Senat Fakultas Pertanian merupakan badan normatif dan pertimbangan tertinggi di tingkat fakultas yang memberikan
masukan strategis kepada pimpinan fakultas. Pengelolaan harian fakultas dipimpin oleh:
- Dekan – Pimpinan tertinggi yang bertanggung jawab atas seluruh penyelenggaraan tridarma dan tata kelola fakultas.
- Wakil Dekan Bidang Akademik – Mengelola kurikulum, proses pembelajaran, dan mutu akademik.
- Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan – Mengelola keuangan, sarana-prasarana, dan administrasi umum.
- Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Alumni, dan Kerjasama – Mengampu kemahasiswaan, hubungan alumni, serta kemitraan dengan berbagai lembaga.
Laboratorium & Kebun Percobaan
Laboratorium di lingkungan Faperta mendukung kegiatan praktikum, penelitian, dan pengabdian, antara lain:
- Agronomi dan Rumah Kaca
- Tanah
- Hama Penyakit Tumbuhan
- Kultur Jaringan
- SIG dan Kartografi
- Bioteknologi
- Kebun Percobaan Teluk Dalam
- Manajemen Agribisnis
- Komunikasi dan Pemberdayaan Masyarakat
- Pengolahan dan Pengawasan Mutu
- Kimia dan Biokimia Hasil Pertanian
- Mikrobiologi Hasil Pertanian
- Pasca Panen dan Pengemasan Hasil Pertanian
- Nutrisi Ternak
- Produksi dan Teknologi Peternakan
- Reproduksi dan Pemuliaan Ternak
Bagian Tata Usaha
Bagian Tata Usaha mengelola administrasi dan layanan manajerial fakultas melalui beberapa Sub Kelompok Kerja:
- Sub Kelompok Kerja Akademik
- Sub Kelompok Kerja Keuangan dan Kepegawaian
- Sub Kelompok Kerja Umum dan BMN
- Sub Kelompok Kerja Kemahasiswaan dan Alumni
P2MF & Pusat Kajian
Pusat Penjaminan Mutu Fakultas (P2MF) mengkoordinasikan penjaminan mutu akademik dan non-akademik, termasuk pendampingan akreditasi dan audit mutu internal.
Pusat Kajian mengelola kegiatan riset tematik dan kajian strategis di bidang pertanian tropika lembab yang melibatkan lintas jurusan dan mitra eksternal.
Jurusan dan Program Studi
Di tingkat akademik, Fakultas Pertanian menyelenggarakan pendidikan melalui empat jurusan dengan jenjang sarjana hingga doktor.
Jurusan Agroekoteknologi
- S1 Agroekoteknologi
- S2 Pertanian Tropika Basah
- S3 Ilmu Pertanian
Jurusan Agribisnis
- S1 Agribisnis
- S1 Penyuluhan Pertanian
Jurusan Teknologi Hasil Pertanian
- S1 Teknologi Hasil Pertanian
- S2 Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian
Jurusan Peternakan
- S1 Peternakan