Fakultas Pertanian dan Kehutanan merupakan salah satu dari tiga Fakultas pertama yang dibuka pada saat Universitas Mulawarman berdiri pada tanggal 27 September 1962 berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No.130 tahun 1962 tanggal 28 September 1962, dan dikukuhkan secara resmi berdasarkan SK Presiden RI No.65 tanggal 23 April 1963. Pada tahun 1967, Fakultas Pertanian dan Kehutanan dikembangkan menjadi dua Fakultas yang berdiri sendiri, yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Kehutanan.

Lokasi pertama Fakultas Pertanian adalah Jalan Barito 5 dimana administrasi, perkuliahan, dan praktikum dilaksanakan. Selain itu praktikum juga dilaksanakan di Kantor Dinas Kehewanan Provinsi Kalimantan Timur (sekarang Dinas Peternakan Provinsi Kalimantan Timur) di Jalan Bhayangkara. Pada tahun 1964 Fakultas Pertanian menempati lokasi baru di Jalan Flores yang sekarang lokasinya digunakan oleh Program S2 Magister Manajemen, kemudian pindah lagi ke lokasi di Jalan Biawan pada tahun 1969, satu lokasi dengan kompleks dosen UNMUL Sidomulyo. Baru pada tahun 1982 Fakultas Pertanian menempati lokasi kampus yang sekarang (kampus Gunung Kelua). Selama perjalanannya dari tahun 1962 hingga sekarang, Fakultas Pertanian telah dipimpin oleh 18 Dekan yang terdiri dari 14 orang yang berbeda. Pada saat ini, Fakultas Pertanian memiliki kebun Pendidikan yang terletak di Berambai dan Desa Karang Tunggal, Kecamatan Tenggarong Seberang, Kabupaten Kutai Kartanegara.